角膜移植的手術一般根據病變程度，可以選擇做穿透性角膜移植術或者板層角膜移植術。
穿透性角膜移植術：
是以全層透明角膜代替全層混濁角膜的方法。
適應癥按其手術目的可分為光學性、治療性、成形性、美容性等方面。光學性角膜移植術常見的適應癥為圓錐角膜、各種原因所致的角膜瘢痕、各種角膜營養不良、各種原因的所致的角膜內皮細胞功能衰竭。治療性角膜移植術的主要適應癥為化膿性角膜瘍、眼化學傷、蠶蝕性角膜潰瘍、角膜邊緣變性等。
板層角膜移植術：
是一種部分厚度的角膜移植。
手術時切除角膜前面的病變組織，留下底層組織作為移植床。故凡角膜病變未侵犯角膜深層，而內皮生理功能健康或可復原者，均可行板層角膜移植術。臨床常用于中淺層角膜斑留或角膜營養不良性混濁，進行性角膜炎或潰瘍、角膜瘺、角膜腫瘤，以及一些條件差不能作穿透性角膜移植的眼球，為改良角膜條件先作板層移植。
廈門眼科中心開展了飛秒激光輔助的光學板層角膜移植術，與傳統板層角膜移植手術相比，具有并發癥少，光學增視效果好，操作簡單的優點。
另外，還有一種人工角膜移植術，但由于角膜組織對人工合成材料的排異反應等問題尚未解決，遠期效果不佳，常造成移植處的房水滲漏及移植片的脫落，故目前尚不可能廣泛應用。
現階段人工角膜僅適用于患各種嚴重角膜疾患后的雙目失明，特別是嚴重的化學燒傷引起的全部角膜白斑和多次角膜移植術失敗，無法再做其他手術者。
